- Sở Y tế Nghệ An là cơ quan quản lý Nhà nước về y tế của UBND tỉnh và tổ chức các hoạt động sự nghiệp y tế trên địa bàn Tỉnh. Sở chịu sự lãnh đạo trực tiếp toàn diện của Uỷ ban nhân dân Tỉnh và chịu sự chỉ đạo về chuyên môn nghiệp vụ của Bộ y tế
- Trên cơ sở định hướng mục tiêu chiến lược, quy hoạch, kế hoạch phát triển sự nghiệp y tế của cấp trên, Sở xây quy hoạch, kế hoạch phát triển sự nghiệp Y tế của Nghệ An trình UBND Tỉnh và Bộ y tế xét duyệt và tổ chức thực hiện các quy hoạch, kế hoạch đã được duyệt.
- Chuẩn bị các văn bản trình UBND Tỉnh Nghệ An quy định việc phòng bệnh, phòng dịch, khám chữa bệnh, cấp cứu, sản xuất, mua bán thuốc vật tư y tế, Hành nghề Y tế tư nhân... theo thẩm quyền của địa phương.

- Tổ chức và thực hiện công tác phòng bệnh, phòng chống dịch, khám bệnh, chữa bệnh, cấp cứu kịp thời nhằm chăm sóc sức khỏe cho nhân dân với chất lượng ngày càng cao.
- Kết hợp đông y với tây y trong công tác khám chữa bệnh, tổ chức tốt chăm sóc sức khoẻ ban đầu. Thực hiện bảo vệ sức khoẻ bà mẹ, trẻ em, KHHGĐ.
- Tổ chức thực hiện BHYT, giám định y khoa và pháp y, tham gia khám tuyển nghĩa vụ quân sự và các đối tượng khác.
- Tổ chức thực hiện tiêm chủng mở rộng, phòng chống các bệnh xã hội, AIDS, nghiện hút ma tuý...
- Tổ chức nghiên cứu khoa học, ứng dụng và thông tin các tiến bộ KHKT về y tế trong và ngoài nước, để phục vụ cho phòng bệnh, huấn luyện đào tạo cán bộ, sản xuất thuốc, trang thiết bị y tế.
- Tuyên truyền giáo dục sức khỏe, tổ chức đào tạo và đào tạo lại, hoặc gửi đi đào tạo ở trung ương, chăm lo bồi dưỡng và sử dụng có hiệu quả đội ngũ công chức chuyên môn.
- Kiểm tra, thanh tra việc thi hành pháp luật, các quy định về chuyên môn y tế khám chữa bệnh, dược, hành nghề y tế tư nhân, vệ sinh môi trường, vệ sinh lao động, vệ sinh thực phẩm... giải quyết đơn, thư khiếu tố theo quy định.
- Thực hiện việc khen thưởng và đề nghị cấp trên khen thưởng hoặc kỷ luật các đơn vị, cá nhân có thành tích hoặc có những sai lầm khuyết điểm trong hoạt động y tế.
- Quản lý tổ chức và viên chức của Sở, Quản lý tài sản, tài chính theo quy định của Nhà nước và Tỉnh Nghệ An.